Zo mogelijk nog groter is de natuurwaarde van het gebied. Het plangebied zelf, maar ook de directe omgeving kenmerken zich door een hoge natuurwaarde. Het Naardermeer is een gebied met plassen met riet, hooiland en moerasbos. Het water is ondiep met in het midden van het meer riet en mattenbies. Er is een afwisseling van verschillende verlandingsstadia tussen het open water en moerasbos.

Het Naardermeer is één van de oudste 'echte' meren van Nederland. Het is ontstaan in de ijstijden en de periode die daarop volgde en niet door vervening zoals de andere Vechtplassen. Het stond via de Vecht in open verbinding met de Zuiderzee en werd samen met zijn omgeving geteisterd door storm en vloed. Aan het eind van de 14de eeuw werd daarom het Naardermeer afgedamd en de verbinding met de Zuiderzee verbroken.

Tussen 1623 en 1629 werd het drooggelegd (landwinning voor Amsterdam), maar nog in hetzelfde jaar weer onder water gezet om Amsterdam te beschermen tegen oprukkende Spaanse troepen. Aan het eind van de 19de eeuw werd een nieuwe inpolderingpoging ondernomen. Deze werd gestaakt toen de bemalingkosten heel hoog opliepen door grote toestroom van kwelwater. In 1904 wilde de gemeente Amsterdam het Naardermeer gebruiken als vuilstortplaats. Er was veel verzet tegen deze plannen en dit ging uiteindelijk niet door. Het was wel aanleiding voor natuurbeschermers, waaronder J. P. Thijsse en E. Heimans, om de Vereniging tot Behoud van Natuurmonumenten op te richten en het gebied aan te kopen in 1905. Als gevolg van verhoogde drinkwaterwinning in het Gooi en verlaging van het waterpeil ten behoeve van de landbouw verdroogde het gebied en verlandde het Naardermeer steeds meer. Om de verdroging van het gebied tegen te gaan wordt water ingelaten. Door verschillende partijen is in 1993 het Herstelplan Naardermeer opgesteld.

Het streefbeeld is te komen tot helder water van een goede kwaliteit en een compleet herstel van het ecosysteem van het Naardermeer met zijn kenmerkende flora en fauna. De waterkwaliteit wordt verbeterd door uitbaggeren van de verontreinigde bodem.

Er wordt minder verontreinigd water uit het IJmeer ingelaten en de instroom van grondwater uit het Gooi wordt vergroot. Dit heeft de afgelopen jaren geleid tot een beter doorzicht van het water, een toename van het aantal soorten waterplanten en een toename van macrofaunasoorten. Het waterpeil in de meeste omliggende polders is verhoogd en de drinkwaterwinning in het Gooi voor een deel vermindert. Verder wordt regulier maaibeheer van riet en watervegetatie toegepast. Tussen het Fort Uitermeer en het Naardermeer is de Keverdijkse Polder gelegen. In de polder is de laatste jaren de natuurfunctie uitgebreid, zodat een verbindingszone is ontstaan met de Ankeveense Plassen. De inrichting van de Polder is afgestemd op de hydrologische bufferzone voor het Naardermeer.

Net als voorheen militair, ligt Fort Uitermeer anno 2006 ook landschapsecologisch op een strategische positie. Het traditionele, eeuwenoude Hollandse netwerk van natuur, dat gevormd wordt door de boezemwateren zoals de Vecht, wordt bij Uitermeer gekoppeld aan het nieuwe natuurlandschap van laagveenmoerassen, dat sinds enige jaren gevormd is rond het Naardermeer.

Langs de Vecht bestaat de natuur uit kleine boezemlanden met moeras, nat grasland, riet en de daarvan afhankelijke flora en fauna. Rond het Naardermeer komen deze habitat, die zeer kenmerkend zijn voor Laag Nederland in grote oppervlakten voor. Planten en dieren die in beide landschappen kunnen leven wisselen bij Fort Uitermeer van gebied.

Een krachtig voorbeeld hiervan is de otter die vroeger, maar waarschijnlijk binnenkort weer beide gebieden zal bevolken Daarmee wordt duidelijk welke positie fort Uitermeer inneemt op de Natte As van natuur door Nederland (Friesland, Flevoland, Holland, Delta).