Zo mogelijk nog groter is de natuurwaarde van het gebied. Het plangebied zelf, maar ook de directe omgeving kenmerken zich door een hoge natuurwaarde. Het Naardermeer is een gebied met plassen met riet, hooiland en moerasbos. Het water is ondiep met in het midden van het meer riet en mattenbies. Er is een afwisseling van verschillende verlandingsstadia tussen het open water en moerasbos.

Op het fort overwinteren sinds 1995 3 soorten vleermuizen(Baardvleermuis, Watervleermuis en een enkele Grootoorvleermuis). In de Kanonremise c.q. Manschappenverblijf  heeft een handvol vleermuizen overwinterd. Dit gebouw is nauwelijks veranderd, maar omdat er geen grondbedekking is, zal het als winterverblijf niet zeer goed zijn. Alle toegangen tot dit gebouw zijn voor vleermuizen geschikt gemaakt. In gebouw 2 is een kraamkolonie (zomer) in een spouw van mogelijk de Gewone dwergvleermuis (de Weijs, 2006).

Voor dit onderdeel is de Belvedère nota en beleid relevant. Belvedère is een nieuwe zienswijze op de omgang met het cultureel erfgoed: “behoud door ontwikkeling”. En het is eennieuwe zienswijze op ruimtelijke planvorming.